SMP Frater sebagai intansi pendidikan, tidak saja melahirkan lulusan-lulusan yang trampil dan luas pengetahuannya, tetapi membangun diri yang memiliki dan memperjuangkan terwujudnya nilai-nilai luhur dalam kehidupan. Banyak ahli memperkirakan di era baru ini, persaingan akan memakin tajam dan ukuran-ukuran yang digunakan adalah prestasi yang objektif seperti jumlah kekayaan yang dimiliki, dan prestasi kerja yang dicapai. Melihat dari salah satu unsur yang diperlukan tersebut maka dengan secara tidak langsung menuntut untuk mengadakan beberapa perubahan terhadap bangunan yang telah ada, seperti gedung / ruang tempat penyelenggaraan proses belajar mengajar tersebut.

Gambar disamping memperlihatkan pemenuhan terhadap unsur tersebut dimana proses belajar mengajar sering terganggu dengan adanya gejolak perang dunia ke II, tetapi dengan semangat pendidikan adalah proses menanamkan nilai-nilai luhur maka dengan keberanian yang kuat para Frater terus mengabdikan diri mencapai tujuan tersebut. Pada tahun 1928 SMP Frater telah memiliki beberapa fasilitas, yakni :
1. Bangunan/Gedung itu sediri
2. Ruang gambar
3. Ruang labor

SMP Frater telah memiliki sarana dan prasana yang cukup mendukung, dimana salah satu dari sarana dan prasarana yang cukup diperlukan adalah prasarana gedungnya, SMP Frater telah melakukan pembangunan terhadap infrastrukturnya dan terus akan melakukannya.
Pimpinan Sekolah sadar, perkembangan jaman demikian cepat. Usaha menyesuaikan sekolah dengan tuntutan perkembangan ini mutlak perlu kalau kita tak mau ketinggalan. Sekarang ini fasilitas yang sudah dimiliki sekolah sebagai sarana penunjang (berkat dukungan Yayasan Prayoga) adalah: ruang Kantor Tata Usaha yang cukup memadai beserta peralatan yang modem seperti komputer, fasilitas olah raga (basket), Goa Maria, ruang labor Biologi, ruang labor Fisika, ruang labor komputer, ruang pustaka, ruang Ketrampilan, ruang belajar, ruang BP, ruang PMR/UKS, ruang OSIS, Aula, ruang majelis guru,dll